葡萄基因组数据库在哪里下载

‘壹’ 你好，请问怎么在NCBI下载全基因组序列或者有别的地方可以下载我主要是想下载真菌基因组序列

GenBank同二楼说的，还有DDBJ、EMLB，是世界三大核酸数据库，三者各有优缺点，如果要完整菌种的序列，你可以将三者结合使用，希望帮到你。

‘贰’ 有人查过NCBI的基因组的核小体数据库吗知道的进来看看。

在核酸数据库查找

以英文"酵母"为关键词

然后可以限定"核"

如果关键词这么少都查不到的话，就可能没有，但酵母的全序列应该已经测完，按理应该查的到

如满意回答，还望采纳

‘叁’ UCSC数据库中怎么下载全基因组相关信息的表格

摘要 从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser 浏览器，另外一种是通过FTP服务。

‘肆’ 基因组数据库里的文件怎么用

在NCBI上下的基因组数据库，有5种文件格式，分别是.asn .fa .gbk .gbs .mfa！

‘伍’ 如何在网上找寻模式生物的基因组数据

玉米基因组在Science杂志中可以查找到。
去年年初，美国科学家成功测序得出了玉米基因组的草图，这是由测序项目负责人——圣路易斯华盛顿大学基因组测序中心主任理乍得·威尔逊在“玉米遗传学会议”第50次年会上公布的。科学家们以代号为B73的高产玉米品种为研究对象，完成了约95%的基因组测序工作。结果显示，玉米基因组的基因数量为5万至6万个，碱基对数量大约为20亿个。
基因组，一个细胞或者生物体所携带的一套完整的单倍体序列，包括全套基因和间隔序列。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部 DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子。中国研究人员成功破译高山倭蛙基因组 迄今为止破译的首个现代蛙类基因组。

‘陆’ 在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子

事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下：

1.在Gene数据库，填入基因名HNF-4，我一般的话习惯叫Symbol，每个基因都有个Symbol，即基因名。

‘柒’ 知道了某一个物种的全基因组怎么找到某个基因的启动子

然被安排活儿写个申请，其中需要查查哪些昆虫已经有了基因组序列。上NCBI看了一下，突发奇想，不局限于昆虫，看看genome都有哪些数据吧。
ftp地址：
ftp.ncbi.nih.gov:/genomes 2012年2月3日
大概按目录的字母顺序翻译了一下。除去了真菌细菌和病毒（实在太多了！） 个人觉得数据还不是很全。例如Bombyx mori，家蚕的数据就没有。
（某些拉丁名不完全规范）
总目录
Acyrthosiphon pisum 蚜虫
Aedes egypti埃及伊蚊
Ailuropoda melanoleuca 大熊猫
Amphimedon queenslandica大堡礁海绵
Anolis carolinensis北美绿蜥蜴
Anopheles gambiae冈比亚按蚊
Apis mellifera 蜜蜂
Arabidopsis lyrata琴叶拟南芥
Arabidopsis thaliana 拟南芥
Bombus impatiens 某种熊蜂
Bombus terrestris 某种熊蜂
Bos Taurus 牛
Brachypodium distachyon二穗短柄草
Branchiostoma floridae 文昌鱼
Brugia malayi马来丝虫
Caenorhabditis elegans秀丽隐杆线虫
Callithrix jacchus狨猴
Canis familiaris /Canis_lupus_familiaris 家犬
Cavia porcellus土拨鼠/豚鼠，也叫做荷兰猪
Ciona intestinalis玻璃海鞘
Cricetulus griseus中国仓鼠
Danio rerio 斑马鱼
Drosophila melanogaster 果蝇
Drosophila pseudoobscura拟暗果蝇
Equus caballus普氏野马
Gallus gallus 鸡
Glycine max 大豆
Homo sapiens 智人
Hydra magnipapillata大乳头水螅
Loxodonta Africana非洲象
Mus musculus 小鼠
Macaca mulatta猕猴
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Meleagris gallopavo 火鸡
Monodelphis domestica短尾猊
Nasonia vitripennis丽蝇蛹集金小蜂
Nomascus leucogenys白颊长臂猿
Oreochromis niloticus罗非鱼
Ornithorhynchus anatinus鸭嘴兽
Oryctolagus cuniculus穴兔。入侵物种之一
Oryza sativa 水稻
Pan troglodytes潘穴居人，黑猩猩
Physcomitrella patens小立碗藓
Plasmodium_falciparum 恶心疟原虫
Pongo abelii苏门达腊猩猩
Populus trichocarpa 杨树
Rattus norvegicus 大鼠
Saccoglossus kowalevskii囊舌虫。好恶心的虫子…
Sorghum bicolor 高粱
Strongylocentrotus purpuratus紫色球海胆
Sus scrofa 野猪
Taeniopygia guttata 珍珠鸟。这么漂亮的鸟儿也测序了呢~
Tribolium castaneum谷蛀虫
Vitis vinifera 葡萄
Xenopus Silurana tropicalis非洲蟾蜍

“Protozoa”目录 原生动物
Cryptosporidium parvum微小隐孢子虫
Dictyostelium discoideum阿米巴虫
Leishmania braziliensis巴西利什曼原虫
Leishmania infantum利什曼原虫
Leishmania major利什曼原虫
Plasmodium falciparum 恶性疟原虫
Theileria annulata牛环形泰勒虫
Theileria parva小泰勒虫
Trypanosomabrucei锥虫

“PLANT”目录。貌似不是完整的基因组序列。注释如下：
“This directory contains the files of material used in, or associated with the maps provided in MapViewer. This directory contains organism directories that hold files of various types of sequence files for the organism. These are:
i) <organism_name>.BES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from bacterial artifical chromosome libraries
ii) <organism_name>.SES.gz, the clone-end sequences in FASTA format from genomic shotgun libraries
iii) <organism_name>.DArT.gz, the DArT sequences in FASTA format.”
Amaranthus hypochondriacus 苋
Aquilegia Formosa耧斗菜
Arabidopsis halleri鼠耳芥
Arabidopsis thaliana 拟南芥
Arachis ranensis蔓花生
Arachis hypogaea 花生
Asparagus officinalis 芦笋
Asplenium蕨类
Avena sativa燕麦
Beta vulgaris 甜萝卜
Brachypodium distachyon 二穗短柄草
Brassica napus 油菜
Brassica oleracea 甘蓝
Brassica rapa 芜菁
Cajanus cajan 木豆
Carica papaya番木瓜
Chlamydomonas reinhardtii莱茵衣藻
Cicer arietinum鹰嘴豆
Citrus clementina金钱橘
Coffea arabica 咖啡树
Cucumis melo 香瓜
Cucumis sativus 黄瓜
Garovaglia 苔类
Glycine max 大豆
Glycine soja 野生大豆
Glycine tomentella短绒野大豆
Gossypium arboreum 亚洲棉
Gossypium barbadense 海岛棉
Gossypium exiguum 某种棉
Gossypium herbaceum草棉
Gossypium hirsutum 陆地棉
Gossypium raimondii雷蒙德氏棉
Hevea brasiliensis橡胶树
Hordeum vulgare 大麦
Liriodendron tulipifera北美鹅掌楸
Lolium perenne 黑麦草
Lotus japonicus百脉根。名字有个Lotus居然不是睡莲科的，而是豆科的
Manihot esculenta 木薯。这个，生木薯有氰化物…
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Mimulus guttatus野生猴面花
Mimulus lewisii刘易斯猴面花
Musa acuminata 香蕉
Oryza alta高秆野生稻
Oryza australiensis野生稻
Oryza brachyantha花药野生稻
Oryza coarctata 某种稻
Oryza glaberrima光稃稻
Oryza granulate疣粒稻
Oryza longistaminata长雄野生稻
Oryza minuta小粒野生稻
Oryza nivara印度野生稻
Oryza officinalis药用稻
Oryza punctata斑点野生稻
Oryza ridleyi野生稻
Oryza rufipogon 普通野生稻
Oryza sativa 水稻。各种稻…果然还是民以食为天！
Ostreococcus tauri绿藻
Panax ginseng 人参
Phaseolus vulgaris 菜豆
Prunus persica 桃
Secale cereale 黑麦
Setaria italica粟
Sisymbrium irio水蒜芥
Solanum cheesmaniae 某种番茄
Solanum lycopersicum栽培番茄
Solanum pennellii野生种潘那利番茄
Solanum phureja 某种马铃薯
Solanum tuberosum 马铃薯。去年的natrue测序文章。NCBI的数据库更新不及时么？这儿只有BES的数据。
Sorghum bicolor 高粱
Sorghum propinquum拟高梁
Trifolium repens白花车轴草
Triticum aestivum 普通小麦
Triticum monococcum一粒小麦。这个名儿好玩
Vigna unguiculata豇豆
Vitis vinifera 葡萄
Zea mays 玉米

“BACENDS”目录
Apis mellifera 蜜蜂
Arabidopsis thaliana 拟南芥
Glycine max 大豆
Oryza sativa 水稻
Schistosoma mansoni曼氏血吸虫
Solanum lycopersicum
Strongylocentrotus purpuratus紫色球海胆
Triticum aestivum普通小麦
Trypanosome brucei锥虫
Trypanosome cruzi克氏锥虫
Zea mays 玉米

“CLONEEND”目录
Anopheles gambiae 冈比亚按蚊
Bos taurus 牛
Canis familiaris 家犬
Cercopithecus aethiops非洲绿猴
Drosophila melanogaster 果蝇
Equus caballus普氏野马
Gallus gallus 鸡
Gasterosteus aculeatus三刺鱼
Homo sapiens 人
Medicago truncatula蒺藜苜蓿
Mus musculus 小鼠
Ovis aries 羊
Pan troglodytes潘穴居人，黑猩猩
Rattus norvegicus 大鼠
Sus scrofa 野猪
Trypanosome brucei 锥虫
Xenopus tropicalis非洲爪蟾，热带爪蟾

‘捌’ 怎么在NAR数据库下载数据

那是因为万方里面也没有文献全文，导出的也只是题录、文摘等信息。
不是所有的都没有全文，而是，文献标题右上角没有红色的pdf的文件标识的没有全文，你导出也没有全文。

‘玖’ ncbi基因组数据库包括了哪些文件

NCBI对BLAST进行了全新的改版，推出了最新的web BLAST report。在最新的BLAST比对结果页面中，“图形化概要(Graphic Summary)”、“具体描述(Descriptions)”以及“序列比对(Alignments)”等部分页面都可以展开和收起。此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(Formatting)”和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了CSV格式下载。这样，读者可以轻松地将BLAST的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，BLAST比对结果页面上的“Alignments”部分还提供了每一条命中序列在Entrez Gene中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed数据库中与该基因有关条目的数目等。

‘拾’ NCBI数据库有多少完整的细菌基因组序列该如何查阅

如果是基因组信息的话，选择框里先选择：Nucleotide
然后，输入序列号或者输入你要找的基因的名称
找到以后，点击FASTA，可以下载，也可以直接复制。
一般都是存TXT格式，这样用软件分析才能载入